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如果按照结构来划分，核酸药物可以分为DNA药物和RNA药物。进一步细分就有反义寡核苷酸、小干扰RNA（siRNA）、小RNA、短发卡RNA（shRNA）、 信使RNA（mRNA）、质粒DNA、适配体、核酶及脱氧核酶等。
质粒DNA目前在兽用疫苗中应用最为广泛，而人用产品还主要停留在临床试验阶段。
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